La notícia documental més antiga que tenim sobre el temple parroquial de Sant Feliu de Celrà és de l'any 1024, quan s'esmenta en els escrits el temple de Sancti Felici de Celrano. Gràcies a aquest mateix document sabem que a inicis del s.XI Celrà comptava amb un temple d'estil romànic, segurament de tres naus, i que estava presidit per un imponent cloquer. Malgrat tot, pràcticament so s'han conservat restes d'aquest antic edifici, exceptuant una antiga finestra de factura romànica i l'antiga pila baptismal dels s.XI-XII.
El temple fou embellit en el segles següents i en les seves capelles laterals s'hi anaren construint diferents altars. Així, entre els s.XIV-XVI a l'església hi trobem els següents altars: altar Major (amb retaule anterior a 1420), altar de santa Maria, altar de sant Joan, altars de sant Sixt i sant Hou, i a partir de 1690, l'altar del Sant Crist.
L'any 1689, en ple s.XVII, es va construir el retaule barroc que va presidir el temple durant molts anys, en el qual, l'any 1696, s'hi van col·locar dues imatges de plata per guardar-hi les relíquies de sant Sixt i sant Hou.
Al llarg del s. XVIII es va anar construint progressivament en temple en la forma en què el podem veure en l'actualitat i anà perdent progressivament la seva fesomia Romanic-gòtica que l'havia caracteritzat durant segles.
Les obres començaren els anys 1731-1732 amb la construcció de les capelles laterals i van culminar l'any 1780, quan el nou temple parroquial va ser beneït per l'aleshores bisbe de Girona, Tomàs de Lorenzana.
L'obra d'aquest nou temple fou finalitzada l'any 1803 amb l'acabament de la façana exterior, si bé l'obra del campanar no va concloure's fins l'any 1853.
Aquest nou temple parroquial construït al llarg del s.XVII és d'estil renaixentista, de planta de creu llatina amb una cúpula semiesfèrica en el centre del creuer, sis capelles laterals, i amb una galeria que transcorre per bona part del primer pis del temple, un edifici que és coronat per un majestuós campanar.
Ja en ple s.XX, l'esclat de la guerra civil l'any 1936 va comportar la destrucció de l'antic retaule barroc de l'altar major i també de bona part dels retaules i de les imatges dels altars laterals, que eren el de la Divina Pastora, el dels Dolors, el de sant Isidre, el del Sagrat Cor, el del Roser i els de sant Josep i de sant Roc.
L'actual retaule de l'altar major, presidit per les imatges de sant Feliu i de sant Sixt i sant Hou, fou consagrat el 30 d'agost de 1964, època en que també van ser erigits els nous altars que presideixen les actuals capelles laterals, és a dir: el de la Puríssima, el dels Dolors, el de sant Isidre, el del Sagrat Cor, el del Roser i el del Sant Crist. Pocs anys abans, el 1956, s'havien col·locat en el campanar del temple parroquial les dues campanes que encara avui toquen les hores per a tots els habitants del poble de Celrà.